L’idea del Museo Diocesano nasce negli anni Trenta dal cardinale Schuster per tutelare, conservare e promuovere il patrimonio della Diocesi di Milano, la più grande del mondo cattolico.

Negli anni Sessanta il cardinale Montini individua la sede nel Chiostro di Sant’Eustorgio, uno dei più antichi della città, parzialmente distrutto dai bombardamenti della seconda guerra mondiale. Il museo è inaugurato nel 2001 dal cardinale Martini.

La collezione permanente è composta da più di settecento opere dei vari periodi storici dal Medioevo agli anni recenti. Molte provengono dalla Quadreria Arcivescovile e da fondi privati, come il Fondo Oro e la Collezione Marcenaro. La contemporaneità è rappresentata da un nucleo sostanzioso di opere, tra le quali le ceramiche di Lucio Fontana raffiguranti le tappe della via crucis. Oltre ai quadri include una nutrita collezione di arredi liturgici, provenienti dalla Basilica dei Santi Apostoli e Nazaro Maggiore, l’antica Basilica Apostolorum voluta dal vescovo Ambrogio nel IV secolo.

Per tutta la durata del Giubileo il Museo Diocesano ospita, in sintonia con le indicazioni di papa Francesco, la Madonna della Misericordia di Antonio da Fabriano. Il dipinto del maestro marchigiano è stato realizzato intorno al 1470 ed è tipico della tipologia di stendardi processionali dipinti su entrambi i lati ma, come racconta Carlotta Beccaria che l’ha restaurato, «è un olio e tempera su tavola, mentre solitamente questi oggetti erano dipinti su tela. Il peso del legno ha probabilmente fatto sì che fosse già allora stato appoggiato, perdendo le funzioni originali. Sul verso principale la Madonna della Misericordia raccoglie sotto il manto i fedeli. Il retro era più danneggiato e lo abbiamo ripulito delle ridipinture secolari, riportando alla luce i panneggi e parte del santo».
In entrambe le facce del dipinto le figure campeggiano su un fondo blu, alternativo all’oro, forse scelto per ragioni di economia e caso unico in Antonio da Fabriano. Il dipinto è esposto al pubblico in occasione della speciale ricorrenza del Giubileo della Misericordia, di solito non è visibile, perché normalmente conservato nei saloni privati dell’Istituto Toniolo legato all’Università Cattolica.