L’istituzione diretta da Eliana Calandra è stata oggetto di un primo lotto di lavori tra 1997 e 2005, per un importo di 5.640.000 euro, e un secondo, avviato nel 2009 e appena concluso, finanziato con 4.435.000 euro dalla Regione Siciliana e dal Comune di Palermo.

Fin dal 1767 la Biblioteca ha sede all’interno della ex Casa Professa dei padri Gesuiti, dove era stata trasferita in seguito all’espulsione dell’Ordine dal Regno. Tra gli ambienti del piano terra riaperti dopo il restauro che ha riguardato anche i libri e gli arredi: di particolare pregio la Sala Amari, destinata ai libri preziosi e rari, con le librerie barocche in legno di abete dipinte a imitazione di marmi mischi. Qui sono custoditi importanti codici medievali, come il Martirologio della prima metà del XII secolo e il cosiddetto Codice Speciale, una raccolta di privilegi concessi alla città da Federico II a Giovanni d’Aragona, ma anche trattati di alchimia, come un codice della prima metà del XIV secolo e una rara edizione del 1575 del De revolutionibus orbium coelestium di Niccolò Copernico.

I lavori di restauro, rifunzionalizzazione e adeguamento alla normativa sulla sicurezza, curati dall’Ufficio comunale Città storica, sotto l’alta sorveglianza della Soprintendenza ai Beni culturali di Palermo, hanno consentito di dotare il deposito di nuove librerie mobili in acciaio, in linea con le misure antincendio. Al piano superiore sono state restaurate le sale storiche con le imponenti librerie lignee a tutta altezza che si sviluppano lungo tutto il perimetro della Sala lettura e della Sala cataloghi, in parte provenienti dall’antica biblioteca dei Gesuiti e adattate ai nuovi ambienti nel 1775. Vi si trovano due mappamondi di inizio Seicento di Matthäus Greuter e il cosiddetto Famedio, ossia una serie di 371 ritratti di siciliani illustri, dipinti da artisti come Pietro Novelli, disposti come a formare il fregio della sala.

I lavori appena conclusi hanno riguardato anche la chiesa di San Michele Arcangelo, di impianto trecentesco, e il complesso della chiesa dei Santi Crispino e Crispiniano. L’Assessore alla cultura Andrea Cusumano ha anche annunciato l’imminente rientro dell’ospite più illustre, il Libro d’Arabeschi, detto Codice Resta in quanto  contenente 300 disegni del Cinquecento di allievi di Raffaello quali Giulio Romano e Perin del Vaga raccolti da padre Sebastiano Resta (lo stesso collezionista di fine Seicento cui si deve il Codice Resta della Biblioteca Ambrosiana di Milano), restaurato dall’Istituto Nazionale per la Grafica.